Sekolah Menengah Sains Kepala Batas dibuka 23 Mac 2009. Dalam usia beberapa bulan saja, ia dikenali hampir seluruh rakyat Pulau Pinang. Sekolah ini dirasmikan oleh YB Tun Abdullah bin Ahmad Badawi. Merupakan sekolah yang berasrama penuh, ia menjadi rebutan calon UPSR dan PMR/PT3 untuk mendapat tempat di sini. Seramai lebih kurang 300 orang pelajar diambil sebagai perintis sekolah ini pada 2009.

Pada Januari 2018, Sekolah Menengah Sains Kepala Batas memiliki jumlah keseluruhan murid seramai 749 orang. Ia mempunyai seramai 72 orang guru.Januari 2018[1]